Pengelolaan Sekolah Bhinneka berada di bawah div. pendidikan Persatuan Pelajar Indonesia – Nagoya. Semua status guru adalah sukarela, dari mahasiswa, orang tua siswa, maupun warga Indonesia yang berada di Nagoya.
Kepala Sekolah:
Februari 2008 – Juli 2010: Ibu Murni Ramli, PhD. Graduate School of Education and Human Development.
Agustus 2010 – sekarang: Ibu Rahma Hanifa. Graduate School of Environmental Studies
PJ Kelas Flores:
Februari 2008 – September 2008: Ibu Riris
Desember 2008 – Maret 2010: Ibu Rahma Hanifa
April 2010 – Maret 2011: Ibu Soes
PJ Kelas Halmahera:
Februari 2008 – Maret 2010: Ibu Devi Kausar
April 2010 – September 2010: Ibu Suriasni
Oktober 2010 – Maret 2011: Ibu Vivi
April 2011 – sekarang: Ibu Paramashanti
PJ Kelas Bali:
Februari 2008 – Maret 2010: Ibu Soes
April 2010 – Maret 2011: Ibu Nining Tresnaningsih
April 2011 – sekarang: Ibu Rizki Andini
PJ Kelas Nias:
April 2011 – sekarang: Ibu Rini Inggarani
Bendahara:
Februari 2008 : Ibu Puji
Ibu Devi Kausar
Ibu Soes
Agustus 2010 – sekarang: Ibu Sylvia
Perizinan:
Februari 2008 – Maret 2011: Ibu Fathiya
Maret 2011 – sekarang: Ibu Rizki Andini